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糸ヘンの「綿」は種を外した後の、繊維の状態
という区別があるようです。
三河木綿で有名な三河地方では、「棉」はタネを除いた後まで、綿打ちという作業の後からは「綿」というとのこと(http://www.yumeoribito.jp/committee/qa.html)。
私自身、「棉」を使うときは前者の考え方に沿うよう気をつけてはいますが、特に拘りがあるわけではありません。故に、気をつけていても混在してしまうことがあります。気になる方はご指摘ください。
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